Здесь представлен альтернативный вариант решения, в отличие от большинства рекомендаций на форумах. Проверил на магазине с 40+ к товаров.
<?
define('NO_KEEP_STATISTIC', true);
define('BX_NO_ACCELERATOR_RESET', true);
define('NOT_CHECK_PERMISSIONS',true);
require_once $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . '/bitrix/modules/main/include/prolog_before.php';
CModule::IncludeModule('search');
CModule::IncludeModule('catalog');
$res = CSearch::ReIndexAll(true);
echo 'Проиндексировано элементов: ', $res;
?>
Также от себя добавлю пару моментов:
Если уменьшить шаг, выбрать Информационные блоки и снять галку индексировать только измененные элементы. То, в информационном сообщении будет видно, в каком месте индексация уходит в стоп, потом проверяем, и так по шагу, можно все исправить.